La costituzione del Capitolo risale all’istituzione della diocesi di Molfetta (dopo il 1025), di cui il primo vescovo è attestato nel 1071. Alcuni membri del Capitolo, fra cui l’arcidiacono, l’arciprete e i due primiceri, appaiono in una pergamena del 1162. Il vescovo Simon Alopa ridusse da 36 a 24 il numero dei canonici nel 1386. Nel 1559 fu istituito il canonico teologo; nel 1593 il canonico sagrista e il canonico penitenziere, che furono considerati quinta e sesta dignità; nel 1663 il canonico curato. Si conservano gli statuti dati dai vescovi Giacinto Petronio (1646), Celestino Orlandi (1772) e Achille Salvucci (1937); nel 1990 mons. Antonio Bello approvò i nuovi statuti del Capitolo Cattedrale della diocesi pienamente unificata di Molfetta-Ruvo-Giovinazzo-Terlizzi (1986).
Fra le varie personalità che hanno fatto parte del Capitolo, vanno ricordati Angelo de Lacertis, divenuto vescovo di Molfetta nel 1484, il quale ottenne da Innocenzo VIII, suo predecessore sulla cattedra molfettese, il privilegio dell’immediata soggezione della diocesi alla Sede Apostolica; Francesco Antonio de Luca, arcivescovo di Nazareth; Francesco Santoro, vescovo di Bitetto; Maiorano Filioli, vescovo di Caiazzo; Giuseppe Corrado Pansini, vescovo di Ugento; Giuseppe Saverio Poli, vescovo di Anglona e Tursi; Francesco Paolo Mastropasqua, vescovo di Nusco; Vitangelo Salvemini, arcivescovo di Manfredonia; Luigi Gagliardi, vescovo di Ischia; Antonio de Beatis, segretario del card. Luigi d’Aragona; Giuseppe Maria Giovene, Sergio de Judicibus, Giovanni Panunzio, Giuseppe de Luca di Melpignano, Antonio Salvemini, Paolo Bartoli, Francesco Samarelli e tanti altri canonici spesso impegnati nell’insegnamento presso il prestigioso Seminario Vescovile di Molfetta, soprattutto nel sec. XIX. Nel 1596 lo stemma capitolare presentava l’immagine della B.V. Maria assunta in cielo e le parole CANONICORUM MELPHICTENSIUM.
Nel secolo successivo ‘ a ricordo del privilegio dell’immediata soggezione alla Sede Apostolica concesso al vescovo e alla diocesi da Innocenzo VIII (vescovo di Molfetta fino all’elezione al soglio pontificio) ‘ lo stemma del Capitolo fu mutato e assunse le forme conservatesi fino ad oggi. Lo scudo è d’azzurro, al cavallo bianco, inalberato. Timbrato dal cappello vescovile; il cartiglio reca il motto: LIBERTAS. I Canonici svolgono il ministero liturgico e pastorale stabilito dagli statuti vigenti.