A Molfetta una parvenza di Seminario affiora alla fine del 1500. Più precisamente nel 1571 Mons. Maiorano dei Maiorani, ottemperando alle norme del Concilio di Trento, dispone la istituzione di un seminario. Si tratta piuttosto di una scuola in cui i chierici ricevevano i primi rudimenti della grammatica e del canto sacro. Ad impedire la nascita del Seminario concorrevano le scarse risorse economiche. Mentre il XVII secolo volge al termine, i Vescovi molfettesi riescono a porre alcune premesse indispensabili per erigere un degno luogo destinato alla formazione dei chierici.
Mons. Degli Effetti, nel 1695, acquista alcune case attigue all’antico Episcopio per dare una sede al Seminario e successivamente Mons. Salerni, nel 1717 provvede ad un ampio rifacimento dei muri esterni e alla ristrutturazione dei locali interni. L’opera di Mons. Salerni, riguardo alla fondazione del Seminario, si rivela fondamentale: non solo lo erige canonicamente nel 1714, ma lo dota anche di regole alquanto dettagliate. Soltanto il 2 maggio 1725
Per lo studio gli alunni si portavano ogni giorno nel locale Collegio della Compagnia di Gesù e qui seguivano i corsi di grammatica e di umanità, mentre presso lo studio dei Domenicani frequentavano i corsi di filosofia e di teologia.
Nuove esigenze si impongono nel 1760. Munifico realizzatore è Mons. Celestino Orlando il quale veramente può essere considerato il fondatore del nostro Seminario. Della sua opera si possono ammirare l’imponente costruzione, il portale d’ingresso e la balconata prospiciente il porto, magnifici nella eleganza settecentesca.
Nel 1785, infine, con la traslazione della Cattedrale e dell’Episcopio, compiuta da Mons. Gennaro Antonucci, anche il Seminario trova una sistemazione definitiva nell’ex Collegio dei Gesuiti. Lo stesso redige nuovamente le regole del seminario.
Questa data segna per la storia del nostro seminario l’inizio di un continuo crescendo. Serietà, profondità di dottrina e corpo docente altamente qualificato sono le doti che caratterizzano la provvidenziale istituzione, il cui prestigio si estende, sotto l’episcopato di Mons. Caracciolo, a tutto il Regno partenopeo. Il Seminario diviene il maggiore istituto classico del Regno di Napoli.
Durante l’800 il Seminario acquistò fama in tutta la provincia, soprattutto per la riforma degli studi, avviata dal rettore Sergio de Judicibus. In questo periodo il Seminario si pone come unico Istituto culturale della città, dove si formava tutta la classe dirigente cittadina. Si amplia pure
Le ispezioni del nuovo Governo unitario nel 1865 e del 1876 confermano la sostanziale bontà del curriculum studiorum del Seminario di Molfetta. In esso sono previste cinque classi ginnasiali e tre liceali, perfettamente in linea con quanto richiesto dalla legislazione scolastica statale.
Con il declinare del secolo, alcuni eventi portano a far scemare l’importanza del Seminario. In primo luogo l’apertura del pubblico Liceo-Ginnasio voluta dal Municipio di Molfetta, poi la mancanza di sacerdoti che insegnassero in Seminario. Nel 1905 Mons. Pasquale Picone pone fine all’incresciosa situazione creatasi, rinunciando prima al pareggiamento, poi affidando il Seminario alla cura dei «Padri della Missione» di Napoli. Gradatamente il Seminario incomincia a riprendere e assolvere alla sua originaria funzione di «oasi di pace, casa di studio, fucina di virtù».
Intanto il Seminario centrale per le Puglie, eretto a Lecce nel 1908, si trasferisce dal 1915 nei locali del Seminario Vescovile di Molfetta fino ad acquiacquisire una nuova sede nel 1926. Da allora il Seminario Vescovile inizia ad ospitare soltanto i ragazzi dei corsi inferiori. È il tempo di Mons. Pasquale Gioia, che con la presenza vigile e paternamente forte dà al Seminario un tono di austerità. In questo periodo l’Ecc.mo Vescovo, conservando il titolo e le prerogative di Rettore, si fa coadiuvare nella reggenza del Seminario da un Pro-Rettore o da un Vice Rettore.
Nel 1936 inizia un lungo e nuovo periodo, quello di Mons. Achille Salvucci. Durante l’ultimo conflitto bellico, il Seminario viene requisito e adibito a Ospedale Militare. A fine guerra l’Istituto è in miserevoli condizioni. La solerzia e la cura di Mons. Salvucci donano alla nostra Istituzione una sobria eleganza in seguito a opere di rifacimento e di rinnovamento. A partire dal 1968 cessa anche l’attività interna della scuola.
Nel gennaio del 1995 Mons. Donato Negro, in accordo con il rettore pro-tempore don Giovanni Fiorentino, avvia i lavori di ristrutturazione in una parte del Seminario. Durante la fase dei lavori,
Dopo 10 anni, il 4 giugno 2005, l’attuale Vescovo, Mons. Luigi Martella, in accordo con il rettore pro-tempore don Pietro Rubini, ha autorizzato i lavori di recupero funzionale di alcuni ambienti del Seminario in virtù anche di un finanziamento ad hoc concesso dal Ministero dei Beni Culturali.
Il 12 marzo 2006 S. Em. il Card. Angelo Sodano, Segretario di Stato di Sua Santità Benedetto XVI, visita il nostro Seminario accolto da Mons. Vescovo, dal Rettore, dagli educatori e dai seminaristi.